第三季相比于第二季时空相隔了三年。首先是一具感染了致命病毒的尸体被扔在了洛杉矶卫生中心外面。Tony和Michelle结了婚，并且已是CTU的主管。他接到了来自一个名为Hector Salazar的墨西哥毒枭的恐吓，他声称如果不把他的哥哥Ramon释放，会有更多的人感染上这种病毒。事实上，Ramon是Jack通过做卧底抓回来的。就在Jack和他的新搭档Chase审问Ramon时，Ramon杀死了自己的律师，并且对Jack他们说了一些奇怪的话。Palmer总统还活着，并且三年来首回洛杉矶，目的是参加新一轮总统竞选的辩论会。他的弟弟Wayne成了他的首席助手，而他的私人医生Anne Packar成了他的女友。一个名叫Kyle Singer的年轻人拿着一包看似毒品的白色粉末，他晚些时候要把这包东西送到交易人的手里，而同时Salazar的手下正在监视Kyle。Kim此时也在CTU工作，并且和Chase交往了三个月。Kim决定在今天把这件事告诉Jack，但是Jack似乎染上了毒瘾……